2004.4.29 부산진해경제자유구역청은 경제자유구역 활성화와 지역경제발전을 위하여 구역청과 지자체간의 업무협약을 재경부 추진단장 참관하에 체결했다.

내용으로는 부산시.경상남도와 구역청간에 도시개발 계획수립 등에 따른 업무협조와 투자유치,지원업무의 효율화, 팀제 구성운영, 계약직 공무원의 신규채용, 소요예산 마련 협조 등에 관한 협약을 체결하였고,

진해시,강서구와 구역청간의 협약에는 사무처리원칙, 위임사무 재조정, 경비부담 등을 포함하고 있다. 따라서 구역청에서 처리하던 위임업무 중 50여건은 재조정되어, 보건위생, 주정차단속, 공유수면 매립, 환경개선 부담금 등 구역청에서 처리하기 비효율적인 업무는 자치단체로 환원하고, 농지전용허가, 공장설립 승인 등 경제자유구역개발과 외자유치 등에 필요한 업무는 이관받도록 향후 법개정도 추진할 계획이다.